در طول سفر در صحرا، سانتیاگو با دختری به نام فاطمه، از قبیله بیابان آشنا می‌شود و عاشق او می‌شود. سانتیاگو به فاطمه قول می‌دهد که پس از یافتن گنج، به نزد او بازگردد. در نهایت، سانتیاگو و مرد انگلیسی به واحه‌ای می‌رسند که کیمیاگر در آن زندگی می‌کند. کیمیاگر تصمیم می‌گیرد سانتیاگو را به شاگردی بپذیرد و او را در مسیر رسیدن به گنج راهنمایی کند.

حدود یک سال بعد او و بازرگان به خاطر پیشنهادهای موفق سانتیاگو مثل درست کردن مکانی برای استراحت بازرگانان دیگر توانسته بودند افراد دیگری نیز استخدام کنند و پول زیادی هم به دست آورده بودند. سانتیاگو یک روز از خواب بلند می‌شود و به بازرگان می‌گوید که می‌خواهد به سرزمین خود برگردد و به او اسرار می‌کند به سفر حج برود. طالع بین پس از گوش دادن به خواب می‌گوید که برای خدمتش از او هزینه‌ای نمی‌گیرد، اما وقتی گنج را پیدا کرد ده درصد آن را می‌خواهد.

در کاروان، سانتیاگو با یک مرد انگلیسی که در جستجوی یک کیمیاگر است، آشنا می‌شود. مرد انگلیسی به سانتیاگو درباره کیمیاگری و تلاش برای تبدیل فلزات به طلا توضیح می‌دهد. در طول داستان، سانتیاگو چند بار خواب یک گنج را در اهرام مصر می­بیند. در یکی از قسمت های داستان کتاب کیمیاگر، سانتیاگو عاشق دختری جوان و خوش ­چهره می‌شود. در «کیمیاگر»، خواب و رؤیاها نقش بسیار مهمی در هدایت شخصیت اصلی، سانتیاگو، به سوی سفر معنوی و تحقق رویاهایش دارند. داستان از جایی آغاز می‌شود که سانتیاگو رویای تکراری در مورد یافتن گنجی در نزدیکی اهرام مصر می‌بیند.

داستان کیمیاگر زندگی سانتیاگو، چوپانی جوان از اسپانیا، را روایت می‌کند. سانتیاگو که عاشق آزادی و طبیعت است، در پی رؤیای خود قدم به سفری پرماجرا می‌گذارد. وی به سران قبایل این حمله را هشدار می‌دهد و در نتیجه، الفائوم با موفقیت از خود در برابر حمله دفاع می‌کند. سپس کیمیاگر از دیدگاه سانتیاگو سخن می‌گوید و از سانتیاگو در سفر به صحرا دعوت می‌کند، در طی آن او به سانتیاگو می‌آموزد که در مورد اهمیت گوش دادن به قلبش و تعقیب افسانه شخصی خود چه اهمیتی باید نشان دهد. او سانتیاگو را متقاعد می‌کند که در پایان سفر خود به اهرام، فاطیما و کاروان را ترک کند و به او می‌گوید که در سفر بعدی حتماً سانتیاگو را همراهی کند.

از جمله آثار کوئیلو می‌توان به کتاب کیمیاگر، کنار رود پیدرا نشستم و گریستم، کوه پنجم، بریدا، خاطرات یک مغ، عطیه برتر، مکتوب و رهبر اشاره کرد. در نهایت، پس از مواجهه با چالش‌های بزرگ و دگرگونی‌های درونی، سانتیاگو متوجه می‌شود که گنجی که به دنبالش بوده، در نزدیکی خانه‌اش و در همان سرزمین خود او دفن شده است. این کشف نه تنها برای سانتیاگو یک پیروزی فیزیکی است، بلکه نماد تحقق آگاهی درونی و رسیدن به خودشناسی است. سانتیاگو در کنار چادر منتظر می‌ماند و در نیمه شب اسب سوار که کیمیاگر آن جا نیز بود به چادر می‌رسد، کیمیاگر می‌گوید که می‌خواهد به سانتیاگو کمک کند تا به گنجی که در خوابش دیده برسد. سانتیاگو و مرد انگلیسی تمام روز را به دنبال چادر کیمیاگر می‌گردند، سانتیاگو به پیرمردی می‌رسد و از پیرمردی در مورد کیمیاگر می‌پرسد و پیرمرد پاسخ می‌دهد که رؤسای قبیله هم نمی‌توانند با او ملاقات کنند. شتردار داستان خودش را برای سانتیاگو تعریف می‌کند، او باغ میوه باغ داشت، به مکه سفر کرده بود و احساس می‌کرد که می‌تواند با خوشحالی تا آخر عمر زندگی کند.

کتاب کیمیاگر، فراتر از یک رمان داستانی، یک راهنمای زندگی است که می‌تواند به کارآفرینان و صاحبان کسب‌وکارها کمک کند تا مسیر موفقیت خود را با اعتمادبه‌نفس و اراده بیشتری طی کنند. این کتاب با تأکید بر مفاهیمی همچون دنبال کردن رؤیاها، پشتکار، عشق به کار و پذیرش شکست‌ها به‌عنوان بخشی از مسیر، می‌تواند به کارآفرینان کمک کند تا با چالش‌های دنیای کسب‌وکار بهتر مقابله کنند و به موفقیت دست یابند. در نهایت، کیمیاگر به ما یادآوری می‌کند که هر کدام از ما کیمیاگر زندگی خود هستیم و با تلاش و پشتکار می‌توانیم رؤیاهایمان را به واقعیت تبدیل کنیم. کتاب کیمیاگر، رمان دلربای پائولو کولیو در رده «رئالیسم جادویی» از بسیاری جهات خیره‌کننده است.

ناگهان دنیا به سکوت فرو می­رود، پسر جوان نیایش می کند و جریان عشق از قلب او جاری می شود. به این ترتیب او به روح جهان می رسد و درمی ­یابد که دنیا بخشی از روح خدا است و روح خدا روح خودش است. این­جا است که سانتیاگو موفق می­شود معجزه کند و به باد تبدیل شود و جان خودش و کیمیاگر را از چنگال مرگ نجات دهد. در آنجا، او به سانتیاگو توانایی خود را برای تبدیل سرب به طلا با استفاده از «سنگ فیلسوف» نشان می‌دهد. سپس، سانتیاگو در پای اهرام شروع به حفاری برای پیدا کردن گنج می‌کند، در این میان دو مرد او را می‌بینند و به سختی سانتیاگو را مورد ضرب و شتم قرار می‌دهند.