کتاب زرین کوب با حمله اعراب به ایران در قرن هفتم میلادی شروع می‌شود که او آن را به صورت یک تراژدی برای ملت ایران معرفی می‌کند. او دو قرن اول تاریخ ایران پس از حمله اعراب را دوره‌ای از تاریکی همراه با کشمکش بین دو ملت (اعراب و ایرانیان) می‌نمایاند. در این کتاب فاتحان عرب مسلمان به صورت بربرهایی خشن و نژادپرست تصویر شده‌اند که در پایمال کردن روحیهٔ ملی ایرانی به وسیله تخریب هر چه ایرانی است مصمم هستند. با این حال او ادعا می‌کند که ایرانیان بزودی برتری خود را در مسائل مملکتی، کشاورزی، جنگ‌آوری و دانش ثابت کردند و در نهایت به مراکز قدرت دست یافتند. از فروردین ۱۳۳۶ متن «دو قرن سکوت» از چاپ دوم به بعد تغییر نکرد و چاپ‌های بعدی بر پایه‌ی همین متن انجام شده‌است.

برخی دانشوران همچون عبدالحسین زرین‌کوب که یک تاریخ‌نگار ملی‌گرای اثرگذار و یک ایدئولوگ بود، پا را فراتر گذاشت و ادعا نمود اسلام و شیعه به‌طور مشخص غیر ایرانی هستند. کتاب دو قرن سکوت او نماینده این تصویر ملی‌گرای سکولار از تاریخ ایران است. روایت زرین کوب از تاریخ ایران، بازسازی باستان گرایانه‌ای از ایران به عنوان ملتی ناب است که در آن شهروندی بر پایه نژاد، زبان مشترک، تاریخ مشترک یا عضویت در فرهنگ و تمدنی متحدالشکل می‌باشد. این تعریف زرین کوب از هویت ملی، ایران را به صورت کشوری همچون کشورهای اروپایی نشان می‌داد و در عین حال ایرانیان وطن‌پرست را از ملل اسلامی و از رهبران مذهبی دور می‌کرد.

نشر سخن که متولی این کار شده بود، چاپ نهم کتاب را با تفاوتی قابل تامل منتشر کرد. استاد بعد از انقلاب و در ۱۵ سال آخر عمرش، نزدیک به ۱۰ یا ۱۵ جلد کتاب نوشتند، آثاری که برخی از آنها با نهایت تاسف بنا به گفته برادر استاد مفقود شده اند. عبدالحسین زرین کوب، این استاد بزرگ و عاشق ایران در نهایت در سن ۷۷ سالگی در شهریور ۱۳۷۸ در تهران درگذشت. او پس از دبیرستان کار معلمی را همزمان با تحصیل آغاز کرد و در نهایت در ۱۳۳۴ پس از دفاع از پایان نامه دکتری خود، توانست دکترای خود در رشته ادبیات دانشگاه تهران نائل آید.

در لابلای کتاب و نیز در پایان کتاب به دو قرن سکوت اشاره کرده و دیدگاه های زرین کوب در باره ایران و اسلام  را نقد می کند. این کتاب که اولین بار در سال ۱۳۳۰ هجری شمسی منتشر شد درباره‌ی سرگذشت ایران در دو سده‌ی نخست پس از سلطه‌ی عرب‌های مسلمان و تحلیل شرایط سیاسی فرهنگی آن دوران است.دو قرن سکوت نخستین بار به صورت پاورقی در نشریه‌ی مهرگان چاپ شد. و سپس توسط همان نهاد در قالب کتاب عرضه شد که به سرعت چاپ اولش نایاب شد اما زرین‌کوب با تجدید چاپ مخالفت کرد.

و قرار نیست آخر شب در تخت‌خواب تاریخ صرفی برای به خواب‌رفتن بخوانیم. زرین‌کوب به مقصودی دیگر برایمان روایت می‌کند و آن مقصود تحلیل اوضاع و جامعه‌شناسی یک تباهی است؛ احتمالا برای بیدار شدن قبل از خواب! گرچه که خود روایت زرین‌کوب هم آن‌قدر با جزئیات و جذاب است که می‌تواند فیلمنامه‌ی یک سریال باشد. نویسنده در زمان و شرایطی به تالیف کتاب مذکور می‌پردازد که غرب‌زدگی، حمله به اسلام و تقدیس ایران باستان، دو پایه‌ی سیاست فرهنگی عصر پهلوی بود که توسط روشنفکران سکولار انجام می‌گرفت.

او صراحتا اعلام می کند که تحت تاثیر جریانات سیاسی زمانه و خامی جوانی و احساسات میهن پرستانه، نتوانسته حقایق حمله اعراب و شکست ایرانیان را نشان دهد. از جمله مباحثی که زرین کوب در چاپ اول بدان اشاره کرده و موجبات اعتراض قرار گرفته بود، داستان کتاب سوزی توسط مسلمانان بود. مزیت دوم کتاب این است که توجه بنیادین به نقش متفکران و اندیشمندان ایرانی در ظهور دادن علم و تمدن اسلامی دارد. مطهری با واقع بینی تاریخی و نه صرفا دفاع ، دستاوردهای متفکران ایرانی در دانش های مختلف را بررسی کرده و ایرانیان را پیشتازان و پایه گذاران بسیاری از دانش ها معرفی می کند. تاسیس فلسفه ، کلام ، فقه ، تفسیر ، تدوین جوامع حدیثی ، طبیعیات و جبر و ریاضیات و طب و …از سوی ایرانیان صورت گرفته و مطهری در این اثر به بررسی تاریخی و تحلیلی آن می پردازد. دو قرن سکوت در مجموع اثری پخته از نظر تاریخی، دلنشین از نظر ادبی و جنجالی از نظر موضوع است.

زرین‌کوب بعدها کتاب «کارنامه اسلام» را می‌نویسد که به نوعی پاسخ به نقدهای مطرح‌شده است. رسم بر این است که معرفی  مشاهیر و بزرگان علمی و فرهنگی با بیان نام و سوابق خانوادگی آنان آغاز و سپس به فعالیت ها و آثار آنان پرداخته می شود. شاید این قبیل معرفی ها برای آن باشد که می خواهیم از صحت و سقم اطلاعات نویسنده و آنچه به ما ارائه می دهد مطمئن شویم و از اثر او به عنوان یک منبع و مدرک درست استفاده کنیم. نقد سوم این است که مطهری نژاد پرستی ، غارت ها و کشتار اعراب در دوره اول را مورد توجه قرار نمی دهد. دشمنی ایرانیان با تازیان و اعراب صرفا به دلیل تجریکات غربیان و مستشرقان نیست.

یعنی نگاهی دوباره به ایران و حوادث و وقایع آن از آغاز شکل گیری تا زمان حاضر. کتاب ما را وادار می کند که خود دست به تحقیق زده تلاش کنیم تا حقایق بشناسیم و ایران اسلامی مان را بهتر درک کنیم. درسوی مقابل هم شجاع‌الدین شفا قرار داشت که پس از تصحیح دوباره‌ی دو قرن سکوت علی‌الخصوص پس از نگارش کتاب «کارنامه‌ی اسلام» توسط خود نویسنده، وی را به «دوگانگی»، «غرض ورزی» و «عدم واقع بینی» متهم کرد.