آزادی فردی در این کتاب به معنای توانایی تصمیم‌گیری مستقل و حرکت به سوی رویاهای شخصی است. سانتیاگو پس از یک سال کار در مغازه کریستال‌فروش، پول کافی برای ادامه سفر به مصر جمع می‌کند. او به یک کاروان ملحق می‌شود که از طریق صحرای بزرگ به سوی مصر حرکت می‌کند. در این مرحله از داستان، سانتیاگو با انگلیسی‌زبان مرموزی آشنا می‌شود که به دنبال کیمیاگر است. این انگلیسی‌زبان تمام زندگی خود را وقف تحقیق در مورد علم کیمیاگری کرده است و به دنبال کیمیاگری است که بتواند فلزات را به طلا تبدیل کند. سانتیاگو از این فرد می‌آموزد که کیمیاگری تنها تبدیل فلزات به طلا نیست؛ بلکه کیمیاگری یک سفر درونی است که به خودشناسی و کشف اسرار جهان می‌انجامد.

در نهایت، پس از مواجهه با چالش‌های بزرگ و دگرگونی‌های درونی، سانتیاگو متوجه می‌شود که گنجی که به دنبالش بوده، در نزدیکی خانه‌اش و در همان سرزمین خود او دفن شده است. این کشف نه تنها برای سانتیاگو یک پیروزی فیزیکی است، بلکه نماد تحقق آگاهی درونی و رسیدن به خودشناسی است. در حین کندن، وقتی خسته در گوشه‌ای نشست، ناگهان سایه چند انسان را دید که به سمتش می‌آمدند. مشخص بود که آن چند نفر دزدانی بودند که با قصد تلکه کردن به سمتش آمده بودند. آنها جیب‌های سانتیاگو را گشتند و همه پولش را به سرقت بردند. سانتیاگو برایشان توضیح داد که به خاطر تعبیر یک خواب و پیدا کردن گنج به اهرام مصر آمده است.

آشنایی او با ادیان مختلف و به خصوص دین اسلام به دلیل زندگی او در خانواده ای به شدت مذهبی که اعتقادات سختگیرانه ای داشتند می باشد. در «کیمیاگر»، تنهایی به عنوان بخشی از سفر درونی و رشد فردی سانتیاگو نشان داده می‌شود. او در طول مسیرش لحظاتی از تنهایی را تجربه می‌کند، اما این تنهایی به او فرصت می‌دهد تا با خود و صدای درونی‌اش ارتباط برقرار کند. در این لحظات، او به شناخت عمیق‌تری از خود و جهان اطرافش می‌رسد و با نیرویی معنوی و کائناتی همسو می‌شود. پائولو کوئیلو به این نکته اشاره می‌کند که تنهایی می‌تواند دریچه‌ای برای فهم بهتر خود و جهان باشد.

اگر مقصد ارزشمندی را هدف گرفتید، باید بدانید موانع زیادی بر سر راه تان خواهد بود که برای عبور از آنها نباید کم کاری کنید و به هر نحوی شده برای رسیدن به رویاهایتان با آنها بجنگید و عبور کنید. رمان‌های او بین مردم عامه در کشورهای مختلف دنیا پرطرفدار است. او از سال ۲۰۰۷ سفیر صلح سازمان ملل در موضوع فقر و گفتگوی بین فرهنگی است. وی همچنین از مدافعین آزاد شدن مواد مخدر مانند ماری‌جوانا و کوکائین است. اگر کمی دقت کنید متوجه خواهید شد که آرامش پدیده‎ای است که از درون انسان سرچشمه می‌گیرد.

سانتیاگو بارها در مسیر خود شکست خورد، اما هر شکست او را قوی‌تر و آگاه‌تر کرد. این درس برای کارآفرینان حیاتی است، زیرا در مسیر کارآفرینی شکست‌ها اجتناب‌ناپذیرند. اما مهم این است که از هر شکست درس بگیریم و به مسیر خود ادامه دهیم. شکست‌ها می‌توانند بهترین معلم‌های ما باشند، اگر آن‌ها را به‌عنوان فرصتی برای یادگیری و رشد ببینیم. جنگ‌های قبیله‌ای در صحرا باعث می‌شود که آن‌ها بارها با خطرات مرگبار مواجه شوند.